2月1日深夜，生态环境部印发通知，要求对新型冠状病毒感染的肺炎疫情隔离区外排粪便、污水进行必要的杀菌消毒，禁止污水直排或处理未达标排放，不得将固体传染性废物、各种化学废液弃置和倾倒排入下水道。
此举意在防止新冠病毒通过粪便和污水扩散传播。
就在稍早前（2月1日晚间），深圳市第三人民医院召开记者会公布最新发现。该院肝病研究所研究发现，在某些新型冠状病毒感染的肺炎确诊患者的粪便中检测出2019-nCoV核酸（新型冠状病毒）阳性，很有可能提示粪便中有活病毒存在。
北京时间2月1日凌晨，《新英格兰医学杂志》（NEJM）在其短篇报告栏目报道了美国首例确诊新型冠状病毒肺炎患者成功治愈的病例，提到在患者住院第二日下午及夜间（发病第6日），患者排稀便，采集其粪便进行rRT-PCR检测，结果显示2019-nCoV呈阳性。
这是否意味着新冠病毒可通过粪便传播？
深圳市第三人民医院研究人员表示，目前正在做进一步分离病毒的研究，广大市民戴口罩的同时，要勤洗手，注意个人卫生。
国家卫健委高级别专家组成员、中国工程院院士李兰娟此前也表示，新冠病毒会不会通过血液、粪便传播，尚需进一步证实。
经济观察网记者注意到，1月28日，国家卫生健康委员会在其制定印发的最新版《新型冠状病毒感染的肺炎诊疗方案（试行第四版）》中指出，呼吸道飞沫传播是新冠病毒传播的主要途径，亦可通过接触传播。老年人及有基础疾病者感染后病情较重，儿童及婴幼儿发病较少。但尚未明确提到粪便也是传播途径之一。
不过，在华中科技大学同济医学院附属同济医院救治医疗专家组编制的《新型冠状病毒感染的肺炎诊疗快速指南（第三版）》中却提及，新冠病毒可能的传播途径包括飞沫传播、粪口传播以及接触传播。
从各方专家的观点来看，新冠病毒通过粪便传染的可能性很大。但截至目前，官方并未给出新冠病毒通过这一途径传播的定论。冠状病毒研究专家建议粪便冲水时盖好马桶盖，避免细菌、病毒进入空气，同时要对卫生间尤其是马桶进行清洁和消毒，上完厕所，手要洗干净。
1月30日，中国工程院院士钟南山在接受媒体采访时称，要注意粪便传染的可能性。
根据生态环境部最新通知要求，接收肺炎患者或疑似患者诊疗的定点医疗机构、相关单位产生的污水应加强杀菌消毒，生态环境部门要指导督促相关医疗机构对污水、废弃物进行分类收集和处理，做到稳定达标排放。没有医疗污水处理设施或污水处理能力达不到要求的，应建临时性污水处理罐（箱）。
生态环境部称，目前最有效的消毒方法是投加消毒剂，消毒剂主要以强氧化剂为主，这些消毒剂的来源主要可分为两类，一是化学药剂，二是产生消毒剂的设备。应根据不同情形选择适用的消毒剂种类、消毒方式，保证达到消毒效果。
经济观察网记者了解到，医院污水消毒常采用含氯消毒剂（如次氯酸钠、漂白粉、漂白精、液氯等）消毒、过氧化物类消毒剂消毒（如过氧乙酸等）、臭氧消毒等措施。
生态环境部指出，接收肺炎患者或疑似患者诊疗的定点医院、相关单位，采用液氯、二氧化氯、氯酸钠、漂白粉或漂白精消毒时，参考有效氯投加量为50mg/L。消毒接触池接触时间≥1.5小时，余氯量大于6.5mg/L（以游离氯计），粪大肠菌群数<100个/L。若接触时间不足1.0小时的，投氯量与余氯还需适当加大。
此外，如采用臭氧消毒，污水悬浮物浓度应小于20mg/L，接触时间大于0.5小时，投加量大于50mg/L，大肠菌群去除率不小于99.99%，粪大肠菌群数<100个/L。
此外，生态环境部表示，要加大农村医疗污水处置的监管力度，指导督促卫生院（所）因地制宜采取加氯、过氧乙酸等措施进行专门的灭菌消毒，防止病毒通过医疗污水扩散。严格污水灌溉的环境管理，禁止向农田灌溉渠道排放医疗污水。
