张育军的监管官员生涯，随着2015年股市发生异常波动戛然而止。
张育军的书中提到：每一次金融危机后都会产生一轮全新改革，最深刻的改革往往产生于最严重的危机之后。
一语成谶。
2015年中国发生了影响巨大的股灾，而之后张育军和他的利益相关人被查出是股灾的作俑者之一，获取了巨大的利益。
他利用资源和信息优势，在救市过程中成为了监守自盗的“仓鼠”。
根据中央纪委2017年7月消息，张育军被指“靠山吃山”“扰乱资本市场秩序，损害证券监管部门形象”。
2015年初，上海、深圳两市股指持续上升，由于杠杆资金导致流动性危机，市场恐慌式下跌，出现了市场踩踏。2015年6月至8月，近两个月的时间上证综指最大下跌超过30%。
时任证监会主席肖钢在2019年反思股灾时表示，2015年的股市危机本质上就是一场泡沫的破裂，“当时已经觉察到了杠杆问题，也查了券商两融，但不够果断，还是有牛市情结”。
2015年4月17日，证监会新闻发言人曾介绍，证监会主席助理张育军在4月16日出席中国证券业协会召开的证券公司融资融券业务情况通报会时指出，证券公司融资融券业务开展五年来，规模发展迅速，运行良好，风险总体可测可控。
在那次股市异常波动中，张育军成为“救市总指挥”，他多次公开表态维稳股市，召集券商、基金等业内高管研究救市策略。在商定的救市方案中，多家券商需使用自营资金进行救市。
2015年8月，张育军仍出现在市场维稳座谈会和券商开风控大会。但一个月后，9月16日中央纪委表示，中国证监会主席助理张育军涉嫌严重违纪，正接受组织调查。
就在张育军被宣布调查的前一天，中信证券原总经理程博明等数名中信证券的工作人员因涉嫌内幕交易、泄露内幕信息被调查。中信证券是当时救市“国家队”的主力。主导中信证券自营盘的负责人程博明，为张育军同门师弟。
在张育军接受调查后不久，2015年10月23日，国信证券总裁陈鸿桥在家中自杀身亡。陈鸿桥曾于2003年至2014年任深交所副总经理，张育军自2000年至2008年担任深交所总经理，也就是说，陈鸿桥曾担任张育军副手六年之久。
2017年7月，经中共中央批准，中共中央纪委对张育军严重违纪问题进行了立案审查。按照官方通报，张育军严重违反政治纪律和组织纪律，对抗组织审查，不按规定报告个人有关事项；扰乱资本市场秩序，损害证券监管部门形象，严重违反党的纪律，性质恶劣、情节严重。依据《中国共产党纪律处分条例》等有关规定，给予张育军开除党籍处分；给予其开除公职处分；收缴其违纪所得；将其涉嫌犯罪线索及所涉款物移送司法机关依法处理。
2021年8月，多方信息源交叉印证表明，张育军因罹患胰腺癌病逝，时年58岁。在此之前，网络中关于张育军的官方通报仍停留在四年前——2017年9月15日最高人民检察院依法对张育军以涉嫌受贿罪立案侦查并采取强制措施，但至今未有结论公布。也就是说，在去世前张育军仍处于被调查阶段。
