更主要的方面则是，康生、江青、周恩来等人实际上是一个共同战斗的团体，都在为中央（很大程度上就是为毛本人或者为毛的路线）工作，要对中央专案组所犯下的包括审讯、调查、逮捕和实施众多法西斯行为共同承担责任。所有提交给毛泽东的要求立案调查的人员名单，都是在周恩来主持的专案组会议上预先讨论通过，也包含了周恩来对于众多专案组所提交报告的评语以及专案组所讨论通过的结论，这些评语和结论无一不是令人发指、怵目惊心。如果将周恩来在毛泽东指示下所保护的部分人的工作同其领导下的整个中央专案组所迫害的老干部对比，周恩来的保护无疑是黯然失色，微不足道的。
高文谦透露，文革期间，凡是逮捕人，都需要经过中央文革碰头会批准，大人物和北京的由碰头会直接管，各省市的也须上报备案。这些全都经过实际掌握中央专案组工作的周恩来的手。在专案审查的问题上，周除了抓总以外，还挂名分管了其中的一些专案，如彭德怀专案、贺龙专案等。高曾接触过其中的一部分专案审查材料，上面都有周的签名或批示，有的还作过多次批示，写了大段的口气极严厉的的批语。
高文谦表示，周恩来当时作为中央专案审查委员会主任，同时也是中央文革碰头会的牵头人，本人又熟知党内各方的历史情况，因此与文革中搞的不少大的冤假错案都逃脱不了关系，有的更负有重大责任，像彭德怀、刘少奇、贺龙、彭真等人的专案，他都直接或间接地分管过，指导专案的审查，罗织罪名，拟定结论，对当事人的含冤而死实乃难辞其咎。
据说，邓小平在1980年3月20日也表示：“在刘少奇问题上，在彭德怀、贺龙、陶铸等人的问题，周恩来也是有过失的。”杨尚昆也承认周恩来“讲过一些违心的话，做过一些违心的事，甚至说过错话，办过错事”。
实际上，任何专案组的专案对象，群众组织提出批斗，都必须由周恩来批准。周恩来对谭震林在”二月逆流”之前一直是保护有加。但是”二月逆流”之后，不少群众组织提出”炮轰谭震林”，首先是3月14日，周恩来的联络员董枫在财贸联络委员会上传达了周恩来的意见：谭震林的问题同志们认为要搞就搞，由大家定。5月份，农林口的造反派提出要批斗谭震林。6月13日，周恩来指示可以批斗谭震林。蒯大富被采访时就陈述当年他们提出批斗王光美后，先后请示戚本禹、江青、周恩来的过程，最后由周恩来通知他，中央批准这次批斗，并用周的专车送王光美到清华接受批斗。
周恩来在文革中多次诬陷薄一波是叛徒。不过，在薄一波因长期”监护”身体衰弱、危及生命时，周恩来指示将他送进医院保护起来，救了他一命。以至后来薄一波说，如果没有周的关怀，他也许早已被迫害死了。知情人讲述，文革中被打倒的将帅能否入医院治疗，甚至是否可以开刀，都要经周亲自批示。知情人亦讲述了陈毅在治疗上的失误应由周恩来负责。可以说，相对于薄一波的幸运，周恩来制造了更多的不幸。
红卫兵、造反派是周恩来抓叛徒的”铁拳头”
在调查的过程中，周恩来直接授权于红卫兵可以进行调查取证，为其所主管的中央专案组服务。除此之外，周恩来对红卫兵的行动给以高度评价，例如周恩来对于学生搞出安子文是黑帮的材料和瞿秋白是叛徒的证据就大为赞赏。而红卫兵也在报纸上举出证据来表明周恩来对他们的支持，并多次向周恩来致谢。天津南开大学八一八红卫兵说：”（1967）一月中旬，我们再次写了《关于搞刘少奇大叛徒集团的请示和报告》送给周总理、谢副总理和中央文革，同时又交给戚本禹同志一部分材料。其后，周总理及戚本禹同志和其他中央首长给予我们极大的关怀，并不断给作重要指示。当总理知道我们过去上报的材料被大叛徒陶铸等坏蛋扣压了的时候，中央文革、国务院联合接待站和总理值班室转达了总理的指示：’总理叫你们把材料交来。'”知情人讲述南开大学红卫兵组织”八一八”还写信给周恩来要求得到指导，周恩来则写回信表示大力支持和指点。
全国到处掀起的”揪叛徒”之风很难说与周恩来的这种鼓动和支持没有关系。由群众组织任意推倒中共组织对在白区工作过、被捕过的干部作出的正确结论，重新审查，甚至刑讯逼供。而对于这种”揪叛徒”之风，现在都归到康生一个人头上。这是非常不公平的。
聂元梓在其回忆录中专门写了一小节来描述”周总理关于’揪叛徒’的批示”。聂元梓说：”还有，我们参与揪叛徒，也是需要澄清的一件事。现在是只说，北大揪叛徒是因为康生写了条子，是受康生指示；其实呢，康生的条子我不知道（笔者注：此说法与聂元梓在同一书另一处所写的有矛盾），我们是有周总理的批示，周总理同意我们就有关叛徒线索进行调查活动。”
对此，周恩来的态度不是一般的欣赏。周恩来说：”这次文化大革命红卫兵小将查出一批叛徒，这是小将们的功劳，这是很大的收获，我们向红卫兵小将学习。”
在第一次揪彭德怀未果之后，周恩来直接指示红卫兵把彭德怀从四川揪回北京。
在外交部，周恩来指示：要结合批判刘少奇，把外交部干部的历史问题查清。根据此指示，外交部造反派联络站成立了一个红色尖兵四连（简称”红四连”），专门负责抓叛徒。干部司的审干处配合了此项工作，把其掌握的干部材料提供给”红四连”开展抓叛徒的运动。1967年9月，外交部原副部长章汉夫就被当作叛徒被拘捕审查。
专案组的证据与周恩来的指导
专案组的调查取证和定性是根据当时的需求，特别是可以随意更改。例如蒋南翔在文革之初所犯的罪行就有反对刘少奇的工作，而周恩来在1970年11月1号谈蒋南翔问题的时候又明确表示蒋南翔在文革前是极力吹捧刘少奇。周恩来在”七二○”事件之后为了表示对王力的特殊照顾和欢迎，特意告知早到北京上空的王力乘坐的专机盘旋以待周恩来专机先行降落，然后在机场组织欢迎王力的仪式，一如迎接英雄凯旋，但是后来周恩来却表示王力是国民党，他妻子是叛徒，而且扣上”五一六”反革命阴谋集团头子的罪名。
中央专案组报告给毛泽东的材料是经过剪辑和精心选编的，作为负责向毛泽东汇报专案工作的周恩来，无疑是非常清楚这些材料的不真实性的。周恩来对下面专案组如何搜集证据和如何审讯应是知之甚详的，因为每天专案组都把他们如何搜集证据等做成《动态情况反映》简报报给周恩来等领导人。这些有众多疑点而且是通过严刑拷打得来的供词和证据，是不可以作为法律上的证据的，但是周恩来对此熟视无睹。例如在刘少奇专案中，面对如此破绽百出的所谓刘少奇历史问题罪证材料，中央文献出版社出版的《周恩来传》却如此为周恩来开脱，说他”不清楚江青一伙有意制造伪证，不掌握真实情况而最终相信了专案组的报告”。按这样的写法，周恩来的判断力也未免太低下了！以周恩来为首的陈伯达专案组给出的有关陈伯达罪行材料的证明，当时仅为一个普通工人的陈晓农（陈伯达之子）都看出其材料是经不起推敲的，何况周恩来！作为一度是毛泽东上级的周恩来，在”反反冒进”之后再也没有在毛泽东面前直起过那根脊梁骨，对于毛要打倒的人，他总是可以递上让毛满意的材料的。
高默波对此质疑评论道：”周恩来在文革中是各个专案组，包括刘少奇专案组的总负责人。刘是在’叛徒，内奸，工贼’的罪名下被开除出党的。从现在的观点来看，这些罪名是可笑的。可在那个时候，问题不那么简单。刘少奇专案组花了很多时间和人力去收集指控刘少奇的证据。作为所有专案组的总负责人，对刘少奇调查的结论得先通过周恩来的批准才能报送毛泽东作最后首肯。据王年一说，送给毛泽东看的只有证明刘少奇有罪的’人证物证’，而证明刘少奇没有罪的人证和物证却没有送给毛泽东看。为什么没送呢？周恩来不知道吗？如果周恩来知道有反证材料而不送，那只有两种可能性。一是周恩来相信刘少奇真犯了这些罪。另一种可能是，他不相信，但是他觉得毛泽东或是江青要栽赃刘少奇，他必须照毛泽东或是江青的意图做。否则的话，周恩来可以有很多办法来保护刘少奇。他可以把反证材料送给毛泽东。他也可以要求在专案组人员提出更可信的证据以前不下结论。他甚至可以用手续不全，证据不充份或方法不对头为由把刘的专案调查停下来。他也可以直接跟毛说，刘少奇有路线错误可以打倒，但说他是叛徒，内奸和工贼是捏造。如果周恩来这么做，他当然有冒犯毛泽东的危险。但不论从良心上来说还是从中共的利益来说这个风险都是应该冒的。”
周恩来还把成立专案权下放给造反派。1967年1月份夺权兴起之后，周恩来曾经这样说：”黑材料要集中起来，搞个目录，以后集中烧毁。处理材料问题还没有一个好的典型，为黑材料争论不休，费了不少精力。造反派在夺权以后，可以找几个人成立专案处理，处理材料是极其复杂的，黑材料一定要封存起来，中央决定嘛！现在夺权中大的事情很多，不要陷入到这里边去，否则就成了文牍主义了，只有批判资产阶级反动路线有价值的材料才拿出来。不钻在材料里把大方向转移了。毛主席过去受打击，现在事情都清楚，至于过去，谁说了什么话，谁搞了什么材料，主席才不管这些呢！大家不要陷在片纸只字中，妨碍了大方向。虽然也不是不重要，弄几个人搞专案，不要都陷在这里，档案不可没有，不可太多。”周恩来此言为造反派搞专案提供了依据。周恩来在谈及卫生部孙正专案的时候，指出：（1）孙正专案组的报告，要罪状定实，不定实就不行，不落实就不行。罪状的落实主要是看情节，例如叫嚷”无产阶级司令部也可以炮打”，抓住这句话就可以斗他。（2）定案，要说得准，很清楚。要稳准狠。刘少奇不过只抓了他三件大事。
周恩来所说的三件大事，就是指”叛徒”、”内奸”、”工贼”这三顶帽子。单是一个”资产阶级反动路线”是不够给刘少奇定罪的，因此要能够满足毛泽东彻底打倒刘少奇的愿望，周恩来主持的中央专案组（同时周恩来也是刘少奇专案组组长）不得不另行谋策并最终炮制出证据。依靠这些证据，1968年10月，题名”刘少奇在一九二五年、一九二七年、一九二九年被捕叛变、投降敌人、充当内奸、工贼的反革命罪行”的审查报告，通过中发〔68〕152号、中发〔68〕155号文件，下达全党、全国。同时发布的中共中央八届十二中全会公报说：”这个报告以充分的证据查明：党内头号走资本主义道路的当权派刘少奇，是一个埋藏在党内的叛徒、内奸、工贼，是罪恶累累的帝国主义、现代修正主义和国民党反动派的走狗。”
周恩来在1969年”九大”期间以摧毁”以叛徒、内奸、工贼刘少奇为代表的资产阶级司令部”来证明文革”是完全必要的”。周恩来说：”如果不是毛主席亲自倡导，并发动群众进行这次无产阶级文化大革命，以叛徒、内奸、工贼刘少奇为代表的资产阶级司令部就不能摧毁，我们党和国家的前途就会像毛主席很早就指出的那样，’那就不要很多时间，少则几年、十几年，多则几十年，就不可避免地要出现全国性的反革命复辟，马列主义的党就一定会变成修正主义的党、变成法西斯党，整个中国就要改变颜色了。'”
官方强调周恩来内心是不同意的、痛苦的，其妻子强调他是为了服从大局。这些说法都无法为周恩来洗脱罪名。周恩来的内心无人知道，但是客观的所作所为都已经被历史无情地记录下来。
