武汉肺炎也已扩散至军队，此前，已传出中共空军、武警均已爆发疫情。
但据报有机密文件规定，军方疫情可以不呈报当地省市政府，故此目前军队、武警疫情秘而不宣。
据总部在香港的人权民运信息中心2月4日披露，目前全国“解放军”全部兵种，包括海，陆，空，火箭军已暂停绝大部分大型演习及大型集训，绝大部分军营已停止放假外出及探亲，军营内也取消每周的开会政治学习。
据报，中共全军有30个最高级别的“防治工作领导小组”，这些领导小组的最高领导是“习近平办公室”。
一些重点省市的部队，在条件许可下，连级单位设立隔离房，团级单位设立隔离区，车务，后勤，采购，炊事等必须同外界接触的人员，出现任何不适者必须隔离14天。
报导说，虽然各省，市最新发布的通告要求“疫情报告实行属地化”，军队、武警部队如果发现疫情，必须按照要求报告当地疾病预防控制机构，但又有机密文件规定，如果军队的疫情涉及军事机密的，可以不呈报当地省，市政府，故目前军队、武警出现的疾情都以涉密为由不向属地呈报。
习近平1月29日透过媒体发布声明，不但坦言“目前疫情防控形势依然严峻复杂”，更对军方喊话，要求全军在“党中央和中央军委统一指挥下”，“支持地方疫情防控”。
中共军方2月2日宣布，从全军各医疗单位抽组1400名医护人员，陆续进驻武汉火神山医院，参与武汉肺炎医疗救治。2月3日，中共央视报导，经中央军委批准，根据中部战区命令，驻湖北部队抗击疫情运力支援队2日正式成立，开始承担武汉市民生活物资配送供应任务。
另据网友推特消息：中共军队已接管武汉地区担负抢救任务的15家重点医院所有防护用品和医疗器械、设备的供应。一个防化团和一个200多人组成的医疗队也已开进武汉还有几十辆军车，从不同方向驶抵武汉。
网上传出消息显示，除了防疫任务，军方介入的重要任务还是维稳。据指，中央军委已将大量先进机械化坦克、装甲运兵车投入“实战”，镇压潜在的骚乱。有关武汉“军管”的消息也随后传出。
此前，武汉肺炎疫情持续扩散，中共军队、武警也已传出疫情消息。
中国人权民运信息中心1月27报导说，湖北孝感市的一名中共空军保障部军官，25日被确诊新型肺炎隔离。之后，200名现役军人均被隔离在孝感市一个空置的军机机库中。
30日该中心再有消息指，1月28日武汉的“武警湖北省总队机动支队”盘龙城营区一名武警被确诊染新型肺炎，目前正在一家医院医治，盘龙城营区300名武警被隔离到武警湖北省总队的一个集训地。信息中心致电一名与机动支队有密切联系的武汉市民证实了该事件。
中共官方在通报病例方面一直被指涉重大隐瞒，由于中共军队历来封闭，官方并未在新增确诊病例中通报有军队武警人员染病的任何信息。
